Ne znam tacno sta uzrok problema, ali sigurno znam jednu stvar, a to je da se po node_modules direktoriju NE rade nikakve promjene - to se kosi sa svim nacelima samog NPM-a.
Ukoliko trebas neke specificne izmjene na nekom paketu, forkas ga, uradis izmjene i onda ga koristis.
Ako tako nastavis, vjeruj da ces samo sebi napraviti velike probleme.