Gde se nalaze podesavanja na serveru za mysql, u my.cnf nisu?

U my.cnf fajlu koji se nalazi u etc/ folderu imam samo ovo:

[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
user=mysql
# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks
symbolic-links=0
secure-file-priv=/var/tmp

[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid

U folderu /usr/share/mysql/ imam:

my-huge.cnf
my-innodb-heavy-4G.cnf
my-large.cnf
my-medium.cnf
my-small.cnf

Cini mi se da nisu ta podesavanja.
Instaliran je Centos 6.5 i zpanel.

Uzgred da pitam, preko phpSysInfo pratim ovo Physical memory, gde Cached ima najvecu vrednost blizu 80% i raste.
Sta uciniti po tom pitanju?
Da li je potrebno ovo brisati ili ne?

Skini si mysqltuner - http://mysqltuner.com/ i pokreni ga, on će ti reći što i kako moraš podesiti u my.cnf

Jel nije najjednostavnije to sve konfigurirati preko Webmina koji ima GUI i sve na jednom mjestu?