Slično situaciju sam imao nedavno, dobio sam bazu podataka u koju su uneseni podaci preko cakephp 2.x web aplikacije, gdje u db postavkama nije bilo naznačeno utf8. U toj aplikaciji i phpmyadminu se ispravno pokažu naša slova sa kvačicama, no u novoj cakephp 3 aplikaciji ne.
Posegnuo sam za jednostavnim rješenjem, export sql baze, otvorio tu datoteku u sublime text, ctrl+h (find and replace all), pronašao krivo upisane znakove za čćžšđČĆŽŠĐ i zamijenio sa našim znakovima.
Importovao sql datoteku i sve ok.