Uradio sam URL rewrite u .htaccess datoteci i to radi kako treba. Ono sto meni treba je PHP klasa ili funkcija koja ce klasican url konvertovati u rewritovan, a za to da koristi pravila iz .htaccess datoteke.
To bi izgledalo ovako
<a href="<?php echo rewrite("modules/articles.php?id=5"); ?>">Clanak</a>
ili ovako
<a href="<?php echo rewrite("modules/articles.php", array("id" => 5)); ?>">Clanak</a>
pa bi mi to generisalo rewritan url, html bi izgledao nesto slicno ovome
<a href="modules/articles/5">Clanak</a>